表題の通りのことがおこります。
checkblockindex=0
のオプションを指定してあげるとblock数が増えてもgenerateの時間は増えません。
bitcoin.conf 例
このオプションは、bitcoind --help -help-debug で確認できます。
regtestの場合、デフォルトはcheckblockindexがtrueになっており、regtestの場合のみblockが積み上がるたびにGenesisブロックから不正なデータがないかをチェックする処理が実行されるようです。
bitcoinのソースコードはこのへん↓↓
CheckBlockIndex